در دوران ریاست محمود هاشمی شاهرودی سخنگوی سابق مجلس اعلای عراق که بعدها بر سر تابعیت او گفتگوهائی بروز کرد، بخشی از قوه قضاییه وظیفه مقابله با مطبوعات را به عهده گرفت که عملا بزرگ ترین دستاورد اصلاح طلبان در دو سال اول ریاست جمهوری محمد خاتمی بود.
با انتصاب محمد یزدی به عضویت شورای نگهبان، این شورا نیز سدی محکم در برابر اصلاحات قانونی پدید آورد که اصلاح طلبان با پیروزی در انتخابات مجلس ششم به آن چشم امید دوخته بودند.
در محاکمه هائی که برای عاملان حمله به کوی دانشگاه برپا شد، دانشجویان به سخت ترین مجازات ها گرفتار آمدند و با وجود تاکید گزارش شورای امنیت ملی و اعترافات فرشاد ابراهیمی یکی از اعضای انصار حزب الله، هیچ کدام از خشونت گرایان و گروه های فشار مجازات نشدند.
یک سال بعد بخشی از قوه قضاییه که خود اذعان دارد که دستورات خود را از رهبر جمهوری اسلامی می گیرد با توقیف سی نشریه و بازداشت ده روزنامه نگار کاری کرد که ایران در سال 2000 میلادی بدترین سرزمین از نظر آزادی بیان و بزرگ ترین زندان روزنامه نگاران لقب گرفت.
پرونده قتل های زنجیره ای که افشای آن بزرگ ترین کاری بود که محمد خاتمی در اولین سال های ریاست جمهوری خود بدان موفق شد با دستگیری 18 نفر از افراد مربوط به سیستم های اطلاعات و امنیت تعقیب شد اما مدتی بعد با رسوائی افشای بدرفتاری با آنان در زندان، دستگیرشدگان آزاد شدند و تنها دو نفر در زندان ماندند.
پاسخ اکثریت مردم به همه اتفاقاتی که بعد از تابستان 78 در کشور روی داد به سال بعد از آن موکول شد که انتخابات ششمین دوره مجلس برپا شد و نه تنها چهره های سرشناس جناح مخالف اصلاحات بلکه هاشمی رفسنجانی که توسط آن ها نامزد شده بود موفق نشدند رای لازم را به دست آورند.
اما بر خلاف تصور اولیه اصلاح طلبان که می پنداشتند با به دست آوردن اکثریت کرسی های مجلس وقتی دو قوه از قوای سه گانه جمهوری را در اختیار داشته باشند موفق خواهند شد برنامه های اصلاحی را با سرعت پیش ببرند بعد از تشکیل مجلس ششم مقاومت های بخش انتصابی و محافظه کاران شدت گرفت.
صدور حکم حکومتی رهبر جمهوری اسلامی به عنوان ولی فقیه که مجلس را از اصلاح قانون سخت گیرانه ای که محافظه کاران برای مهار مطبوعات تصویب کرده بودند بازداشت اولین مقاومتی بود که در نخستین روزهای کاری مجلس ششم رخ داد و در ماه های بعد با مخالفت های پی در پی شورای نگهبان با مصوبات مجلس ادامه یافت.
روند مخالفتی که از اولین روزهای روی کار آمدن اصلاح طلبان وجود داشت و بعد از حادثه 18 تیر 78 با سرعت و شدت بیشتر تعقیب شد سرانجام در اسفند سال 81 تاثیر خود را گذاشت و برای نخستین بار بعد از روی کار آمدن جمهوری اسلامی مردم از صندوق های رای روی برگرداندند.
انتخابات دومین دوره شورای های شهر، که در تهران 85 در صد مردم از شرکت در آن خودداری کردند همان نتیجه ای را به بار آورد که اصلاح طلبان از مدت ها پیش بخش انتصابی حکومت را از آن می ترساندند.
ضربه سهمگین شرکت نکردن اکثریت مردم در انتخابات در حالی که با حوادث منطقه ای و حمله نیروهای تحت رهبری آمریکا به عراق همزمان شده بود، در حساس ترین زمان ها جمهوری اسلامی را از سرمایه ای محروم کرد که سال ها تنها وجه تمایز این حکومت با دولت های دیکتاتوری خاورمیانه بود.
روحانیونی که در مقام های کلیدی جمهوری اسلامی قرار دارند در 24 سال حکومت پرماجرای خود همواره با نشان دادن حضور مردم در پای صندوق های 23 انتخاباتی که برگزار کردند، مخالفان داخلی و خارجی خود را از مخالفت با جمهوری اسلامی منصرف کرده بودند.
مهم ترین نتیجه عینی انتخابات بی رونق نهم اسفند 82 قرار گرفتن رفراندوم برای تعیین شیوه حکومت در صدر خواست های عمومی بود که محافل خارجی هم به تائید آن پرداختند و بخش انتصابی حکومت و محافظه کار از وحشت آشکار شدن رای مردم با هر نوع سخنی درباره آن به مخالفت برخاستند.
از سوی دیگر وقتی اصلاح طلبان نومید از پیشرفت اصلاحات، تز خروج از حاکمیت را مطرح کردند محافظه کاران با تبلیغ این نظر که چنین کاری به منزله دعوت از نیروهای آمریکائی برای حمله به ایران است راه خروج را بر روی آن ها بستند.
محمد خاتمی رییس جمهوری با پیشنهاد دو لایحه برای اصلاح قانون انتخابات و روشن کردن اختیارات رییس جمهوری راهی مسالمت جویانه و قانونی برای خارج کردن اصلاحات از بن بست به میان آورد اما مخالفت محافظه کاران نشان داد که حتی فشارهای بین المللی هم آنان را به اجابت خواست های مردم متقاعد نمی کند.